Sant Joan les Fonts està situat dins del Parc Natural de la Zona Volcànica de la Garrotxa i en un paratge privilegiat, entre la confluència del riu Fluvià i de les rieres de Bianya i Ridaura, i damunt d'una colada basàltica provinent dels volcans propers de la Canya i d'Aiguanegra.
El nom del municipi prové del gran nombre de fonts que hi ha en tot el poble, gairebé 300, format a més a més de Sant Joan les Fonts pels nuclis de la Canya i Begudà, a més d'uns veïnats i masies disseminades pel terme.
A la zona del Molí Fondo i del Boscarró hi coincideixen fins a tres colades de lava de tres èpoques i volcans diferents, i és una de les rutes que ens ofereix Sant Joan les Fonts, en un itinerari senyalitzat i amb un recorregut curt de 20 minuts i una de llarga d'una hora i 45 minuts. Així, tenim un terme amb increïbles restes volcàniques i nombroses fonts d'aigua que conviu amb el seu passat medieval amb monuments tant importants com l'església de l'antic monestir romànic, el pont medieval i la casa forta de Juvinyà.
Aquesta petita ruta medieval la comencem per l'església romànica, el principal element que queda de tot el complex monacal benedictí del segle XII. Aquests paratges ja es trobaven habitats des de l'antiguitat, com ho demostren les restes d'un antic poblat ibèric. A partir del segle IX, s'hi establiren un conjunt de masos repartits per les muntanyes, que augmentaren en el segle XII amb el priorat de Sant Esteve de les Fonts Inferiors, conegut ara com a monestir romànic de Sant Joan les Fonts. L'església, de planta basilical i tres naus, destaca externament per la decoració en relleu dels murs i el color rosat de la pedra amb la qual es va construir, extreta dels marges del riu que té al costat.
A l'interior, destaquen la pila baptismal d'immersió (s. XII), els relleus dels capitells i una rèplica de la Majestat de Sant Joan les Fonts (s. XII). L'absis es conserva, tot i que ha patit diferents mutilacions, és d'estil romànic llombard, i al costat es pot veure la sagristia afegida.
Els terratrèmols del segle XV van ser la causa principal de la destrucció dels edificis que formaven part del petit monestir, com el claustre i les habitacions.
Seguim pel pont medieval. L'actual, de quatre arcs, és fruit de la reconstrucció feta després dels terratrèmols del segle XV. Gran part d'aquest pont és de pedra volcànica, i ja es tenien referències escrites d'ell del segle XIII. Durant l'edat mitjana les rutes comercials que unien els comtats de la Cerdanya, Berga i Besalú passaven per Sant Joan les Fonts, i van convertir aquest pont sobre el Fluvià en una via de comunicació estratègica. En època romana, hi passava la via Annia, que travessava el riu Fluvià pel aquí mateix.
A l'altre costat del pont, s'alça majestuosament l'església parroquial, construïda entre els segles XIX i XX en l'estil neoclàssic.
Per últim, tenim la casa Juvinyà, residència de la família Juvinyà i actualment seu del primer Centre d'Interpretació de la Garrotxa. Es tracta d'una casa forta civil d'època romànica i de les millors conservades d'aquest tipus d'arquitectura de tota la comarca. A la façana principal s'hi poden veure les dues parts de la construcció: la torre, del segle XII, i la resta de la casa, del segle XIV.
La casa, construïda com una estada, no era ni un castell ni una casa de pagès, sinó més aviat una residència. Normalment eren cases senyorials amb un espai únic, sense parets interiors, i dins d'un recinte fortificat.
La planta baixa era l'espai per a les quadres, mentre a la planta noble hi vivien els propietaris, i en un espai superior, les golfes destinades a magatzems o graners.
Envoltant la torre, s'hi troba un canal d'aigua que al segle XIII servia per moure la maquinària del molí fariner.
Bibliografia i més informació en: Sant Joan les Fonts. Vulcanisme i natura